A Federação dos Transportes – Cepimar é gerida pela Diretoria Executiva, em conjunto com um Conselho Fiscal e um Conselho de Representantes. A eleição é realizada a cada três anos, em um pleito que reúne empresários e representantes dos sindicatos filiados à entidade. Para o triênio 2011 - 2014, o presidente da Federação, escolhido entre os membros da Diretoria Executiva, foi David Lopes de Oliveira, empresário fundador da entidade.

Diretoria Executiva 2011 - 2014

• Presidente: David Lopes De Oliveira
• 1º Vice-Presidente: Dimas Humberto Silva Barreira 
• 2º Vice-Presidente: José Luis Medeiros
• 3º Vice-Presidente: Dalton Lima de Freitas Guimarães
• 4º Vice-Presidente: Herbert Teruó Miura Campelo
• 5º Vice-Presidente: Silvio Rui Costa Almeida
• Diretor Financeiro: Jorge Alberto Neves da Silveira
• 2º Diretor Financeiro: Idemar Loiola Cito
• 1º Diretor Secretário: Gustavo Alencar Porto Lima
• 2º Diretor Secretário: Alberlan Euclides Sousa
• Diretor Assuntos Jurídicos:  Benedito Mamede Pires
• Diretor Técnico: Francisco Feitosa de Albuquerque Lima
• Diretor Relações Públicas: Luiz Régis Nogueira Moreira

Conselho Fiscal 2011 - 2014

• Marco Petrônio Abreu Carlos
• Gustavo Andrade Pessoa
• Márcio Leandro de Araújo Sales Oliveira

Delegados Representantes 2011 - 2014

• Paulo Alencar Porto Lima
• Dalton Lima de Freitas Guimarães